Здравствуйте.
Такая логика заложена в программу. В процессе инвентаризации одного филиала данные могут пересекаться и с другими филиалами.
Если требуется провести одновременную инвентаризацию нескольких филиалов, то не нужно указывать конкретный филиал в карточке инвентаризации.