Справочник КОМПАНИИ ведёт учёт организаций и юрлиц которым фактически принадлежит то или иное оборудование (на чьём балансе находится)
Справочник ОРГАНИЗАЦИИ это таблица сервисных организаций и поставщиков оборудования, ПО, расходников и т.п. - т.е. это контрагенты с которыми взаимодействуют компании владельцы оборудования.
Если нужен учёт по юрлицам то так и заводите их в справочник компаний:
"Компания1 юрлицо1"
"Компания1 юрлицо2"
"Компания2 юрлицо1"
"Компания2 юрлицо2"
Если такая детализация не нужна то завидите только Компания1 и Компания2 а для фиксации юрлиц можно создать ОБЩЕЕ СВОЙСТВО "Юрлицо"
Точно так же и с ОРГАНИЗАЦИЯМИ - можно занести все их юрлица в справочник (желательно) а можно например для ЗАКАЗОВ (если ведёте учёт закупок через заказы) создать так же доп свойство со списком юрлиц организация